獲得放線菌多樣性的途徑和方法

取樣和收集方法

從特定的生態系統中分離有代表性的放線菌種群，尤其是那些存在于獨特的生態環境中的放線菌種群，需要密切注意取樣。收集樣品可用無菌鏟、無菌土壤剖面取樣器、無菌鑷子、無菌解剖刀、無菌手套、無菌取樣袋和無菌塑料瓶，以盡可能保持樣品不受污染。所取樣品應該是取樣地的代表，可代表特定的土壤類型和底層、枯枝落葉（草薦)和腐質、根圍水平面和地帶、海砂、沉積物和泥漿、植物表面和部位、水柱等。樣品應該貼有標簽，上面有詳細的描述和日期。由于真正的土著種群的出現時短暫的，如放線菌數目在大雨之后大為減少，所以在收集樣品時也要考慮季節性因素和暫時性因素。一旦樣品進入實驗室，應立即檢測或者4℃貯存過夜，樣品應該與倒平板、篩選和培養基收集的器具隔開，以降低螨蟲侵擾的概率。

生態生理學參數和培養基

需考慮的生態生理學參數包括溫度和PH值、離子強度、電勢和底物濃度。這些參數中大多數是野外或者實驗室測得的。下面所提到的放線菌的分離培養基經過了修改以適應將被檢測的生態系統或棲息地。例如，在分離培養基中加入不同濃度的海水與河口的鹽梯度相匹配。降低PH值以適應森林中不同的土壤底層。對于嗜冷菌（4-15℃）應降低培養溫度，而對嗜熱菌（55-70℃）應提高培養溫度。初次分離可加入天然提取物（來自植物、巖石或者堆肥）作為生長因子（50-250ml/L).

放線菌是一種可非常高效地利用現存極低濃度的底物和復雜底物如幾丁質等的微生物。因此大多數是在貧乏的或者簡單的復合培養基中分離到，而不是在營養豐富的生長培養基中。除了嗜熱菌和嗜冷菌外，其他放線菌菌落形成較慢，培養4-20天后在分離培養基上方可見到菌落。分離放線菌要選擇更有利于放線菌生長的分離培養基。精氨酸-甘油鹽、膠樣幾丁質、GAC、M3、淀粉-酪蛋白和水瓊脂等培養基非常適合分離大多數放線菌。通常在分離培養基中加入抗真菌物質制霉菌素和放線菌酮以抑制真菌生長。為提高放線菌特定屬的數目，可能還要加入其它抗生素。分離瓊脂平板風干3天，以盡可能減少細菌生長。

從突然重非選擇性分離放線菌

標準的稀釋涂平板技術可用于從土壤中分離放線菌。根據經驗，用干土可以提高分離所得放線菌的數目和種類。為減少細菌種群，所有的沉積物、泥漿和圖樣均置于無菌的玻璃平板室溫下風干3-10天（取決于空氣濕度）。然后將風干樣品用無菌碾棒輕輕碾成粉末壓印至放線菌分離平板，即用一塊圓形的小海綿，直徑為16mm，直接壓印完后平板倒置于培養箱中培養。嗜冷菌在4-15℃培養可得單菌落；嗜溫菌在22-35℃培養可得單菌落；嗜熱菌在55℃和更高的溫度下培養可得單菌落。在平板中貼上水飽和的濾紙片以防止瓊脂平板在高溫時變干。

從土壤總選擇分離放線菌

對圖樣進行預處理以提高分離多的放線菌的數量或者更有利于特定屬生長的方法有很多種。表3-1總結了一些有助于分離工液用放線菌的更切實可行的圖樣預處理法。圖樣預處理法和合適的選擇性培養基兩者相結合對于高效地分離特定屬放線菌而言是很有必要的。

原創作者：青島捷世康生物科技有限公司